財政部南區國稅局表示，依所得稅法第24條之5規定，營利事業於計算適用房地合一稅2.0之土地交易所得時，應以收入減除相關成本、費用或損失後之餘額為所得，再減除土地漲價總數額後之餘額為課稅所得額，但土地漲價總數額未自該土地交易所得減除部分所繳納之土地增值稅額，則可列為成本費用。
該局進一步說明，為防止納稅義務人利用土地增值稅與所得稅之稅率差異來規避稅負，營利事業依規定計算土地交易課稅所得額時，得減除之土地漲價總數額，必須是依土地稅法第30條第1項規定之「公告土地現值」減除前次移轉現值所計算之土地漲價總數額。另房地合一課徵所得稅申報作業要點第21點規定，交易所得減除土地漲價總數額後之餘額為負數者，以零計算。